Langsung ke konten utama

Menghitung LD50 dengan Bayesian di R2OpenBUGS

library(R2OpenBUGS)
library(BRugs)
library(coda)
logist.mod <- function(){
for (i in 1:N) {
r[i] ~ dbin(p[i], n[i]) #asumsi1
b[i] ~ dnorm(0, tau) #asumsi2
logit(p[i]) <- alpha0 + alpha1 * x1[i] + alpha2 * x2[i]
+ alpha12 * x1[i] * x2[i] + b[i]
}
#distribusi prior
alpha0 ~ dnorm(0, 1.0E-6)
alpha1 ~ dnorm(0, 1.0E-6)
alpha2 ~ dnorm(0, 1.0E-6)
alpha12 ~ dnorm(0, 1.0E-6)
tau ~ dgamma(0.001, 0.001)
sigma <- 1 / sqrt(tau)
}

data.1 <- list(r = c(10, 23, 23, 26, 17, 5, 53, 55, 32, 46, 10, 8, 10, 8, 23, 0, 3, 22, 15, 32, 3), #r = germinated
      n = c(39, 62, 81, 51, 39, 6, 74, 72, 51, 79, 13, 16, 30, 28, 45, 4, 12, 41, 30, 51, 7), #jumlah total percobaan r
      x1 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1),
      x2 = c(0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1),
      N = 21, tau=.5)

parameters <- c("alpha0", "alpha1", "alpha2", "alpha12")
inits <- function(){
   list(alpha0 = .5, alpha1 = 1,
         alpha2 = .2, alpha12 = .3)
}

fit <- bugs(data.1, inits, logist.mod,
                     parameters = c("alpha0", "alpha1", "alpha2", "alpha12"),
                     n.chains = 3, n.iter = 1000, codaPkg = T)
codaobject <- read.bugs(fit)
plot(codaobject)
alpha0 <- fit2$sims.list$alpha0
alpha1 <- fit2$sims.list$alpha1
fit2$summary
plot(alpha0,alpha1, pch=c(16,17), col=c('red', 'blue'))

codaobject <- read.bugs(fit)
plot(codaobject)
summary(codaobject)
ld50 <- -alpha0/alpha1
hist(ld50, breaks=50)
quantile(ld50, c(.025, .5, .975))
Label:

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Memahami Potensial Aksi Sel Saraf : Depolarisasi, Hiperpolarisasi, Repolarisasi

Potensial Istirahat Membran Sinyal pada sel-sel saraf disampaikan melalui sinyal listrik. Sinyal listrik ini dapat terjadi karena ada perbedaan muatan di dalam dan di luar sel. Perbedaan muatan ini dapat diukur menggunakan voltmeter yang terhubung dengan elektroda pembanding dan mikroelektroda perekam (lihat Gambar 1). Pada keadaan istirahat kanal ion tertutup, ion yang tersebar di sepanjang membran dapat diprediksi dengan mudah. Konsentrasi Na +  diluar sel 10 kali lebih besar dari pada di dalam sel dan konsentrasi K +  di dalam sel lebih besar daripada di luar sel. Sitosol mengandung anion konsentrasi tinggi dalam bentuk ion fosfat dan protein yang terionisasi negatif. Pada keadaan ini (istirahat) muatan di dalam sel lebih negatif daripada di luar dan beda potensialnya sebesar -70 mV. Nilai ini disebut dengan potensial istirahat membran. Kebocoran kanal ion dapat terjadi yang memungkinkan ion Na +  masuk ke dalam sel atau ion K +  keluar dari sel, namun hal ini dapat diatasi oleh p
Posting Komentar
Baca selengkapnya

Klasifikasi Reseptor

Reseptor dapat dibagi berdasarkan lokasi dan transduksi sinyal. Berdasarkan lokasinya, reseptor dapat dibagi menjadi reseptor transmembran dan reseptor inti. Jika ditinjau dari proses transduksi sinyal, maka dapat dibagi lagi menjadi  ionotropik &  metabotropik . Reseptor ionotropik, reseptor kanal ion atau yang terasosiasi dengan kanal ion, masih dapat dibagi lagi menjadi voltage-gated, ATP-gated, dan ligand-gated sedangkan reseptor ionotropik dapat dibagi menjadi reseptor terikat protein G (G s , G q , G i ) dan reseptor terikat enzim. 1. Reseptor Transmembran Reseptor transmembran terletak di membran sel dan mempunyai domain (daerah) ekstraseluler, membran, dan intraseluler [ 1 ]. Beberapa reseptor yang termasuk dalam golongan reseptor transmembran adalah reseptor insulin dan glucose transporter [2]  serta reseptor GABA A [3] . 2. Reseptor Inti Reseptor inti adalah reseptor yang terdapat di sitoplasma. Apabila terdapat ligan yang pengaktivasi (biasanya se
Posting Komentar
Baca selengkapnya

Granulasi Basah

Pendahuluan Metode granulasi basah adalah teknik pembuatan tablet yang paling banyak digunakan. Granulasi basah dimulai dari pencampuran, penambahan bahan pengikat, pengayakan, pengeringan, penambahan bahan ekstragranular, dan yang terakhir adalah pencetakan tablet. Bahan pengikat dapat ditambahkan dalam bentuk suspensi/larutan/mucilago atau dalam bentuk serbuk kering. Manakala tablet dibuat dalam skala kecil, bahan pengikat ditambahkan dalam bentuk serbuk dan kemudian ditambah dengan sejumlah pelarut. Sebaliknya, dalam skala besar, sebaiknya bahan pengikat didispersikan terlebih dahulu ke dalam pelarut membentuk larutan/mucilago/suspensi baru kemudian ditambahkan ke dalam campuran yang akan dibuat menjadi granul. Penambahan pelarut atau cairan pengikat tidak perlu terlalu besar, sebab massa ("adonan") yang akan digranul cukup dibuat lembab ( jangan sampai basah atau seperti pasta karena menyebabkan tablet terlalu keras ). Setelah terbentuk massa yang cukup kalis, dilak
Posting Komentar
Baca selengkapnya