Langsung ke konten utama

Menghitung LD50 dengan Bayesian di R2OpenBUGS

library(R2OpenBUGS)
library(BRugs)
library(coda)
logist.mod <- function(){
for (i in 1:N) {
r[i] ~ dbin(p[i], n[i]) #asumsi1
b[i] ~ dnorm(0, tau) #asumsi2
logit(p[i]) <- alpha0 + alpha1 * x1[i] + alpha2 * x2[i]
+ alpha12 * x1[i] * x2[i] + b[i]
}
#distribusi prior
alpha0 ~ dnorm(0, 1.0E-6)
alpha1 ~ dnorm(0, 1.0E-6)
alpha2 ~ dnorm(0, 1.0E-6)
alpha12 ~ dnorm(0, 1.0E-6)
tau ~ dgamma(0.001, 0.001)
sigma <- 1 / sqrt(tau)
}

data.1 <- list(r = c(10, 23, 23, 26, 17, 5, 53, 55, 32, 46, 10, 8, 10, 8, 23, 0, 3, 22, 15, 32, 3), #r = germinated
      n = c(39, 62, 81, 51, 39, 6, 74, 72, 51, 79, 13, 16, 30, 28, 45, 4, 12, 41, 30, 51, 7), #jumlah total percobaan r
      x1 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1),
      x2 = c(0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1),
      N = 21, tau=.5)

parameters <- c("alpha0", "alpha1", "alpha2", "alpha12")
inits <- function(){
   list(alpha0 = .5, alpha1 = 1,
         alpha2 = .2, alpha12 = .3)
}

fit <- bugs(data.1, inits, logist.mod,
                     parameters = c("alpha0", "alpha1", "alpha2", "alpha12"),
                     n.chains = 3, n.iter = 1000, codaPkg = T)
codaobject <- read.bugs(fit)
plot(codaobject)
alpha0 <- fit2$sims.list$alpha0
alpha1 <- fit2$sims.list$alpha1
fit2$summary
plot(alpha0,alpha1, pch=c(16,17), col=c('red', 'blue'))

codaobject <- read.bugs(fit)
plot(codaobject)
summary(codaobject)
ld50 <- -alpha0/alpha1
hist(ld50, breaks=50)
quantile(ld50, c(.025, .5, .975))
Label:

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Memahami Potensial Aksi Sel Saraf : Depolarisasi, Hiperpolarisasi, Repolarisasi

Potensial Istirahat Membran Sinyal pada sel-sel saraf disampaikan melalui sinyal listrik. Sinyal listrik ini dapat terjadi karena ada perbedaan muatan di dalam dan di luar sel. Perbedaan muatan ini dapat diukur menggunakan voltmeter yang terhubung dengan elektroda pembanding dan mikroelektroda perekam (lihat Gambar 1). Pada keadaan istirahat kanal ion tertutup, ion yang tersebar di sepanjang membran dapat diprediksi dengan mudah. Konsentrasi Na +  diluar sel 10 kali lebih besar dari pada di dalam sel dan konsentrasi K +  di dalam sel lebih besar daripada di luar sel. Sitosol mengandung anion konsentrasi tinggi dalam bentuk ion fosfat dan protein yang terionisasi negatif. Pada keadaan ini (istirahat) muatan di dalam sel lebih negatif daripada di luar dan beda potensialnya sebesar -70 mV. Nilai ini disebut dengan potensial istirahat membran. Kebocoran kanal ion dapat terjadi yang memungkinkan ion Na +  masuk ke dalam sel atau ion K +  keluar dari sel, namun hal ini d...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

Klasifikasi Reseptor

Reseptor dapat dibagi berdasarkan lokasi dan transduksi sinyal. Berdasarkan lokasinya, reseptor dapat dibagi menjadi reseptor transmembran dan reseptor inti. Jika ditinjau dari proses transduksi sinyal, maka dapat dibagi lagi menjadi  ionotropik &  metabotropik . Reseptor ionotropik, reseptor kanal ion atau yang terasosiasi dengan kanal ion, masih dapat dibagi lagi menjadi voltage-gated, ATP-gated, dan ligand-gated sedangkan reseptor ionotropik dapat dibagi menjadi reseptor terikat protein G (G s , G q , G i ) dan reseptor terikat enzim. 1. Reseptor Transmembran Reseptor transmembran terletak di membran sel dan mempunyai domain (daerah) ekstraseluler, membran, dan intraseluler [ 1 ]. Beberapa reseptor yang termasuk dalam golongan reseptor transmembran adalah reseptor insulin dan glucose transporter [2]  serta reseptor GABA A [3] . 2. Reseptor Inti Reseptor inti adalah reseptor yang terdapat di sitoplasma. Apabila terdapat ligan yang pengaktivas...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

Transporter dalam dalam absorpsi obat : Kinetika Michaelis-Menten

Kinetika Michaelis-Menten (MM) sangat berguna untuk memahami proses disposisi obat dalam tubuh. Beberapa molekul obat bersifat polar sehingga tidak mampu berdifusi pasif untuk melewati membran sel. Transport molekul-molekul obat ini diperantarai oleh suatu molekul pembawa (umumnya protein) yang disebut dengan transporter. Pada hakekatnya, proses perpindahan/transport obat melalui molekul pembawa seperti reaksi enzimatis sehingga berlaku reaksi : $\ce{E + S <=>[k_1][k_3] ES ->[k_2][] E + P }$ Dalam konteks disposisi obat, tidak terjadi pembentukan produk. namun hanya perpindahan obat dari kompartemen apikal ke basolateral atau sebaliknya. sehingga persamaan reaksi lebih tepat apabila ditulis sebagai berikut: $\ce{E + S_{apikal} <=>[k_1][k_3] ES ->[k_2][] E + S_{basolateral} }$ atau $\ce{E + S_{basolateral} <=>[k_1][k_3] ES ->[k_2][] E + S_{apikal} }$ Dengan menggunakan pendekatan kinetika M-M maka dapat dituliskan kinetika perpindahan obat yaitu:...
Posting Komentar
Baca selengkapnya