Langsung ke konten utama

Prediksi Toksisitas Suatu Molekul

Dalam pengembangan molekul obat baru, pemodelan in silico untuk memprediksi aktivitas calon obat saja tidak cukup. Toksisitas suatu molekul juga perlu diprediksi untuk memastikan keamanan obat. Saat ini telah tersedia banyak sekali bank data mengenai sifat-sifat molekul baik obat maupun drug-like molekul, atau senyawa kimia lainnya, termasuk toksisitasnya. Maka orang sudah mengembangkan aplikasi-aplikasi berbasis web untuk mencari hubungan struktur molekul dengan toksisitas guna memprediksi toksisitas suatu molekul kandidat obat.
Salah satu aplikasi berbasis web yang sudah dikembangkan adalah eMolTox (http://xundrug.cn/moltox). Aplikasi ini dapat digunakan untuk membantu peneliti dalam memprediksi toksisitas suatu molekul dan lebih lanjut akan menuntun para peneliti untuk memperoleh molekul kandidat obat yang tidak hanya manjur tetapi aman. Langkah-langkah melakukan prediksi toksisitas suatu molekul sangat mudah yaitu :

1. Memasukkan struktur molekul dengan cara menggambar atau memasukkan SMILES. 
Setelah masuk ke website eMolTox, Anda dapat memasukkan SMILES atau menggambar molekul nya. Dalam tutorial ini diberikan contoh memasukkan struktur molekul dengan cara menggambarnya. Silahkan klik Draw Molecule


2. Menggambar Molekul. Setelah klik Draw Molecule, maka akan muncul tampilan seperti ini :
 

Contoh molekul :


Setelah molekul digambar, silahkan klik Submit Molecule.

3. Prediksi toksisitas pada organ spesifik.


Selanjutnya, silakan klik prediksi toksisitas yang dituju misalnya CNS Toxicity. Maka akan muncul tampilan :


Aplikasi eMolTox akan mencari data toksisitas dari struktur kimia yang ada dalam bank data yang paling mirip dengan struktur molekul yang telah digambar. Aplikasi ini juga menampilkan nilai confidence. Semakin mendekati 1 nilai confidence, maka prediksi toksisitas molekul semakin meyakinkan.

Sekian tutorial kali ini, semoga berguna bagi pembaca seklian dan selamat mencoba.

Label:

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Memahami Potensial Aksi Sel Saraf : Depolarisasi, Hiperpolarisasi, Repolarisasi

Potensial Istirahat Membran Sinyal pada sel-sel saraf disampaikan melalui sinyal listrik. Sinyal listrik ini dapat terjadi karena ada perbedaan muatan di dalam dan di luar sel. Perbedaan muatan ini dapat diukur menggunakan voltmeter yang terhubung dengan elektroda pembanding dan mikroelektroda perekam (lihat Gambar 1). Pada keadaan istirahat kanal ion tertutup, ion yang tersebar di sepanjang membran dapat diprediksi dengan mudah. Konsentrasi Na +  diluar sel 10 kali lebih besar dari pada di dalam sel dan konsentrasi K +  di dalam sel lebih besar daripada di luar sel. Sitosol mengandung anion konsentrasi tinggi dalam bentuk ion fosfat dan protein yang terionisasi negatif. Pada keadaan ini (istirahat) muatan di dalam sel lebih negatif daripada di luar dan beda potensialnya sebesar -70 mV. Nilai ini disebut dengan potensial istirahat membran. Kebocoran kanal ion dapat terjadi yang memungkinkan ion Na +  masuk ke dalam sel atau ion K +  keluar dari sel, namun hal ini dapat diatasi oleh p
Posting Komentar
Baca selengkapnya

Klasifikasi Reseptor

Reseptor dapat dibagi berdasarkan lokasi dan transduksi sinyal. Berdasarkan lokasinya, reseptor dapat dibagi menjadi reseptor transmembran dan reseptor inti. Jika ditinjau dari proses transduksi sinyal, maka dapat dibagi lagi menjadi  ionotropik &  metabotropik . Reseptor ionotropik, reseptor kanal ion atau yang terasosiasi dengan kanal ion, masih dapat dibagi lagi menjadi voltage-gated, ATP-gated, dan ligand-gated sedangkan reseptor ionotropik dapat dibagi menjadi reseptor terikat protein G (G s , G q , G i ) dan reseptor terikat enzim. 1. Reseptor Transmembran Reseptor transmembran terletak di membran sel dan mempunyai domain (daerah) ekstraseluler, membran, dan intraseluler [ 1 ]. Beberapa reseptor yang termasuk dalam golongan reseptor transmembran adalah reseptor insulin dan glucose transporter [2]  serta reseptor GABA A [3] . 2. Reseptor Inti Reseptor inti adalah reseptor yang terdapat di sitoplasma. Apabila terdapat ligan yang pengaktivasi (biasanya se
Posting Komentar
Baca selengkapnya

Granulasi Basah

Pendahuluan Metode granulasi basah adalah teknik pembuatan tablet yang paling banyak digunakan. Granulasi basah dimulai dari pencampuran, penambahan bahan pengikat, pengayakan, pengeringan, penambahan bahan ekstragranular, dan yang terakhir adalah pencetakan tablet. Bahan pengikat dapat ditambahkan dalam bentuk suspensi/larutan/mucilago atau dalam bentuk serbuk kering. Manakala tablet dibuat dalam skala kecil, bahan pengikat ditambahkan dalam bentuk serbuk dan kemudian ditambah dengan sejumlah pelarut. Sebaliknya, dalam skala besar, sebaiknya bahan pengikat didispersikan terlebih dahulu ke dalam pelarut membentuk larutan/mucilago/suspensi baru kemudian ditambahkan ke dalam campuran yang akan dibuat menjadi granul. Penambahan pelarut atau cairan pengikat tidak perlu terlalu besar, sebab massa ("adonan") yang akan digranul cukup dibuat lembab ( jangan sampai basah atau seperti pasta karena menyebabkan tablet terlalu keras ). Setelah terbentuk massa yang cukup kalis, dilak
Posting Komentar
Baca selengkapnya